El Municipio de Pajapita principió siendo dos fincas llamadas BELEN Y BOLIVAR, fueron compradas con la firma NOTTEBOON, luego paso a Caserío y mas tarde Aldea, hasta que lo formaron Municipio. La causa principal por la cual se fundó como Municipio fue la estación del Ferrocarril en el año de 1906 y lo declararon como Municipio en el acuerdo gubernativo el 31 de Marzo de 1920 suscrito por el Presidente de la Republica Manuel Estrada Cabrera.

Las tierras del Sur Occidente del País y a las Vecinas de México eran de MANJAA o sea El Abuelo del Agua, este dispuso que el Valle mas Fértil y acariciado por sus Ríos tan sonoros era El Valle que el llamo Tierras de Pajapan que quiere decir lugar entre Agua, por estar rodeados de Ríos.

Poco a poco las palabras se fueron modificando llamandola despues PAJAPA que era la parte mas desarrollada de la Zona, más tarde la llamaron, PAJAPITA, que era el diminutivo de PAJAPA: Que quiere decir PAJAPA CHIQUITA el cual pertencecia a Nuevo Progreso, en las fechas de 1910, este Municipio fue fundado después de la colonia.

Los que fundaron el Municipio de Pajapita fueron: LUIS FIGUERO MORALES Y MANUEL FIGUEROA MORALES, ya que ellos fueron los que relizaon todos los tramites para que se declarara Municipio, el Municipio no ha sufrido ningún traslado desde su Fundación.

La procedencia de los primeros pobladores del Municipio fueron ALEMANES Y ESPAÑOLES y algunas Personas de Retalhuleu.

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LUIS M. Y JUAN R.